Stichting Alde Fryske Tsjerken, plaatselijke commissie Boksum
De Sint Margrietkerk is eigendom van Stichting Alde Fryske Tsjerken. Het beheer ervan heeft de stichting overgedragen aan de plaatselijke commissie Boksum. Hierdoor is de kerk er voor het hele dorp. Eén keer per veertien dagen wordt de kerk verhuurd aan de Protestantse Gemeente Terpoarte voor een kerkdienst. Verder zijn er regelmatig exposities en concerten.

De plaatselijke commissie heeft een aantal informatieborden ontworpen en opgehangen in uit buiten de kerk om bezoekers te informeren over leuke en interessante feiten over de kerk.

Bokke en Skelte expositie, slachtoffers tijdens de Slag bij Boksum
Sinds oktober 2021 zijn twee complete skeletten te bewonderen in de permanente expositie in de Sint Margrietkerk. Ze hebben de namen Bokke en Skelte gekregen.
In maart 2016 worden er bij de aanleg van de fietstunnel bij Pypsterbuorren botten en aardewerk gevonden. In een van de gevonden schedels zit een gat ter grootte van een musketkogel. Al snel wordt de link met de Slag bij Boksum gelegd, ook omdat het gevonden aardewerk 16e eeuws blijkt te zijn. Er worden in totaal 7 stoffelijke overschotten gevonden in de kuil in de Hegedyk. DNA-onderzoek wijst een jaar later uit dat de schedel aan een noorderling moet hebben toebehoord.