Medewerkers van orgelbouwer Pels & Van Leeuwen uit ’s Hertogenbosch zijn begonnen met de restauratie van het orgel in de Sint Margarethakerk van Boksum. In een paar dagen tijd zijn alle pijpen uit de orgelkas verwijderd om te worden overgebracht naar het restauratieatelier in Den Bosch. De bijna 200.000 euro kostende restauratie vindt plaats in opdracht van de Stichting Alde Fryske Tsjerken en wordt begeleid door orgeladviseur Aart van Beek uit Balkbrug.
Het orgel uit Boksum dateert in eerste aanleg uit 1675. Bouwer is Harmens Jans uit Berlikum. Welke dispositie het eerste orgel heeft gehad, is niet bekend.
In 1798/’99 voert Lambertus van Dam een belangrijke vernieuwing uit. Het orgel wordt op de huidige plaats opgesteld, waarvoor een nieuwe kraak wordt gebouwd. Onduidelijk is waar het orgel voordien stond. Het pijpwerk van het huidige hoofdwerk is grotendeels uit 1798. Ook van dit orgel is geen dispositie bekend.
In 1918 bouwt Bakker & Timmenga het orgel om voor een bedrag van 3000 gulden. De prijsopgaaf voor dit werk is niet teruggevonden in het overigens zeer complete bedrijfsarchief van deze orgelmakers uit Leeuwarden, en ook niet in het kerkelijk archief. Nadien is het orgel niet meer gewijzigd.
In 1918 kwam er een nieuwe magazijnbalg en kreeg het orgel nieuwe windladen, nieuwe klavieren, nieuwe technieken en nieuwe windkanalen. De manuaalomvang werd tot 54 tonen (C-f3) vergroot.